La storia inizia nella casa della famiglia Darling a Londra. Wendy Darling racconta ai suoi fratelli più piccoli, John e Michael, le storie del fantastico Peter Pan, un ragazzo che non cresce mai e vive nell'Isola che non c'è (Neverland). Una notte, Peter Pan stesso arriva alla finestra dei Darling per cercare la sua ombra, che aveva perso durante una visita precedente. Con l'aiuto della fatina Trilli (Tinker Bell), Peter riattacca la sua ombra e invita i bambini Darling a volare con lui a Neverland.

Una volta arrivati, i bambini Darling incontrano vari personaggi: i Bimbi Sperduti (Lost Boys), il malvagio Capitan Uncino (Captain Hook) e il suo primo ufficiale Spugna (Mr. Smee), oltre a Sirene, Indiani e altre creature fantastiche. Capitan Uncino, nemico giurato di Peter Pan, trama di catturare Peter e i suoi amici per vendicarsi di un precedente incontro in cui Peter gli aveva fatto perdere una mano, sostituita da un uncino.

Le avventure si susseguono in un crescendo di emozioni e pericoli, culminando in un'epica battaglia tra Peter Pan e Capitan Uncino a bordo della nave del pirata. Grazie al coraggio e alla determinazione di Peter e dei suoi amici, Capitan Uncino viene sconfitto e costretto alla fuga.