Siamo nella Francia degli anni Sessanta. Rémy è un piccolo topo che vive poco lontano da Parigi nella soffitta di una casa di campagna abitata da un’anziana signora. Il topolino ha la grande passione della cucina e il suo grande sogno è quello di diventare un cuoco. Rémy, a differenza dei suoi simili, possiede un olfatto ed un gusto molto raffinati e per questo è stanco di nutrirsi solamente di avanzi ed immondizia. Vuole assaporare nuovi cibi più ricercati.

L’idolo di Rémy è il famoso chef francese Auguste Gusteau, che dopo una recensione negativa, ricevuta dal severissimo critico gastronomico Anton Ego, era caduto in depressione ed era morto. Un giorno, la voglia del topolino di assaporare nuove prelibatezze, lo porterà ad entrare nella cucina di un ristorante stellato. Si tratta del ristorante di Nino Skinner, l’ex vice di Gusteau, un personaggio odioso e dispotico che pensa solo agli affari. Rémy mentre osserva i cuochi al lavoro conosce il giovane sguattero Alfredo Linguini, figlio di una vecchia fidanzata di Gusteau, che viene assunto come sguattero.

Rémy stabilirà un proficuo sodalizio con Linguini, che in cucina è maldestro ed incapace. Il palato raffinato del topolino aiuterà il giovane inserviente a diventare un grande cuoco. Rémy infatti si nasconderà sotto il cappello di Alfredo Linguini e gli darà dei consigli per cucinare gustosi manicaretti. Alfredo con le sue abilità culinarie dovrà tentare di convincere anche il terribile critico gastronomico Anton Ego, responsabile della fine di suo padre.